如何平穩處理員工的勞動關系，是關系到轉制改制能否順利進行的重要因素，也是直接影響員工勞動權益的重要問題。從中國勞動保障報法律事務中心勞動法咨詢熱線反映出的情況來看，在企業改制轉制中，容易引發的爭議集中表現為勞動合同的變更、解除和經濟補償金的計算。因此，轉制改制中的勞動合同管理應充分注意以下幾個問題：

　　一、勞動合同的變更

　　根據《勞動法》第24條和第26條的規定，勞動合同依法訂立后，可以依法進行變更。至于變更勞動合同的理由，既可以是雙方協商，也可是客觀情況變化導致原勞動合同無法繼續履行而應當變更。

　　企業改制轉制是企業資產、組織機構或經營形式發生了重大變化，這些客觀情況的變化，往往會導致組織機構、崗位設置、人員安排甚至經營方向的調整變化，勞動合同內容的變更也就不可避免。但是需要強調的是，并不是所有的改制轉制都必然帶來勞動合同的變更，更不是轉制改制必然帶來所有勞動合同的變更。除了協商一致變更勞動合同外，因客觀情況發生變化變更勞動合同的，應同時具備兩個前提：一是原勞動合同已經全部或部分無法履行，必須變更內容；二是變更必須體現平等自愿、協商一致的原則。

　　目前，在企業轉制改制中，上述兩個前提在勞動合同變更過程中存在較多問題。有的企業以改制為由，隨意甚至故意變更員工的勞動合同；有的企業則在變更時采用各種手段，逼迫員工接受勞動合同的變更。這些違反《勞動法》規定、侵害員工勞動權益的做法，往往會因為涉及較多的同類人員，而引發集體勞動爭議。

　　除了一般性的勞動合同變更外，勞動保障部等部委在2003年7月發布的《關于國有大中型企業主輔分離輔業改制分流安置富余人員的勞動關系處理辦法》中規定，改制企業與職工重新簽訂勞動合同,就勞動合同期限不能協商一致的，應當繼續履行原勞動合同中尚未履行的期限；原勞動合同未履行期限短于3年的，應延長至3年。

　　二、勞動合同的解除

　　根據《勞動法》第26條的規定，在發生轉制改制等重大變化時，經協商不能變更勞動合同的，則可以單方解除勞動合同。但是，對于企業這一解約權，必須具備下列5個前提條件：1.提前30日書面通知員工；2.原勞動合同全部或部分無法履行；3.無法協商變更勞動合同；4.須支付經濟補償金；5.不得違反禁止單方解除的規定。
　　企業轉制改制之后一個不可避免的動作幾乎都是裁減人員，在勞動合同的管理上就是勞動合同的解除。由于這種情況下解除勞動合同需要具備上述5個條件，企業在操作中經常會發生顧此失彼的錯誤。特別值得注意的是，改制轉制后被解除勞動合同的，大多是年齡偏大、技能較低、再就業能力較弱的員工，而他們的經濟補償一般也比較低，這也是一些勞動爭議發生的原因。

　　三、經濟補償金的計發
　　有統計表明，目前勞動爭議主要表現為經濟利益的爭議。轉制改制中的勞動爭議，也恰恰印證了這一點。在此類爭議中，要求恢復勞動關系、繼續履行勞動合同的員工占非常小的比例，絕大部分員工的申訴請求表現為：接受勞動合同解除的事實，要求支付經濟補償金和額外經濟補償金。這樣，經濟補償金的計發就成了問題的焦點。
　　《違反和解除勞動合同的經濟補償辦法》第8條規定，因為轉制改制等客觀情況發生變化而解除勞動合同的，應按照員工在本單位的工作年限計發經濟補償金，工作時間每滿一年發給相當于一個月工資的經濟補償金。
　　上述規定涉及的首先就是“工資”的概念。勞動法中的工資包括計時工資、計件工資、獎金、津貼補貼、加班工資和特殊情況支付的工資報酬。所以，經濟補償金計算時，應該以員工前12個月得到的平均實得工資為基數，需要注意的是應包括加班工資。
　　第二個問題就是“本單位的工作年限”問題。勞動合同制度實行以前原固定工在本單位的工作年限以及因用人單位合并、兼并、合資、單位改變性質、法人改變名稱等原因改變工作單位的，都應合并計算工作年限。
　　此外，《關于國有大中型企業主輔分離輔業改制分流安置富余人員的勞動關系處理辦法》中規定，在國有大中型企業主輔分離輔業改制中，計發解除勞動合同經濟補償金時，對從其他國有單位（包括國家機關、事業單位和國有企業）調入本單位的職工，其在國有單位的工齡可計入本單位工作年限。必須說明的是，這一規定只能適用于特殊主體。