審單作業、物流監控和職能管理三大系統既相互支持配合、又相互監督制約，形成一個有機的整體，共同構筑新型海關管理模式。

　　審單作業系統是在各業務部門共同支持和參與下，包括計算機電子審單、審單中心專業化審單和隸屬海關現場接單審核在內的，既分工協作又相互制約的報關單證和數據處理系統。

　　物流監控系統是以現代科技手段為依托，以貨物流為基礎，實行計算機數據底帳(信息流)與貨物流相互印證，對進出境運輸工具、監管區域、監管場所和海關監管貨物實行全方位、全過程有效監控的作業系統。

　　職能管理系統是以通關前的審批、注冊、備案、參數維護、風險布控，以及通關后對通關數據的綜合分析、效能評估、跟蹤稽查和監督檢查為主要管理方式的業務運行管理系統。