《勞動合同法》促使臺商勞資成本增加，新稅制又將企所稅統(tǒng)一為25%，過去臺商享有的稅收優(yōu)惠不再，匯出大陸的獲利還要再課征10%的所得稅，大幅增加臺商的稅負(fù)支出，生產(chǎn)成本提升；在這種情形下，臺商獲利可能因此而減少8-20%，毛利低的產(chǎn)業(yè)無疑將成首要沖擊目標(biāo)，如NB、IT硬件和零組件廠，獲利沖擊都在兩位數(shù)之上，零售業(yè)和食品業(yè)者也將跟著受害。

    不過，由于各家勞動成本、毛利率各有不同，使用的勞力密集度也各不相同，對于下游使用大量人力的ODM廠，將是沖擊最大的族群，如NB ODM廠、手機ODM廠，由于產(chǎn)品毛利低，在生產(chǎn)成本增加下，將深受沖擊。

    至于上游的半導(dǎo)體產(chǎn)業(yè)，由于機械自動化比重高，人力密集度比下游產(chǎn)業(yè)來的低，融資成本增加相對來的少；勞力密集度不如制造產(chǎn)業(yè)來的大，因此，《勞動合同法》對其影響性不如制造產(chǎn)業(yè)來的大，不過通路零售業(yè)者所享的租稅優(yōu)惠原先就不如制造廠來的高，變動影響也較小。

    另一方面，隨著大陸政府力行環(huán)保節(jié)能概念，對于環(huán)境污染成本高的PCB產(chǎn)業(yè)將是重大沖擊，在環(huán)保意識下，小型 PCB廠將因缺少資本投資污染處理設(shè)施，又難以拿到經(jīng)營證照下，隨之淘汰，產(chǎn)能也將因而減少，大廠反而成為最大受惠者。

    生產(chǎn)成本增加時，多數(shù)增加的生產(chǎn)成本，勢必要轉(zhuǎn)嫁給終端客戶，抑或是增加自動化設(shè)備來減少勞力密集度，甚至是將工廠遷移至內(nèi)地或是越南等生產(chǎn)成本較低的地區(qū)。但生產(chǎn)成本要轉(zhuǎn)嫁實在不容易，以NB ODM廠為例，一方面要力鞏固市占率，一方面要因應(yīng)生產(chǎn)成本增加，若要將增加的成本轉(zhuǎn)嫁至終端客戶，提升產(chǎn)品價格，恐怕不大可能，廠商最后只能自行吸收。因此，在原有產(chǎn)品的毛利受侵蝕下，2008年能否推出深具成長動能的新產(chǎn)品，以帶來較高的毛利，是企業(yè)發(fā)展重點；倘若企業(yè)能推出高毛利又具成長動能的新產(chǎn)品，生產(chǎn)成本的增加必然將隨之被抵消掉。

    此外，稅收新政沖擊最大的是屬于「高耗能、高污染、資源性」的臺商出口產(chǎn)業(yè)。以紡織為例，目前凈利率都已低到5％以下，以往企業(yè)主習(xí)慣把出口退稅率算進利潤的一環(huán)，如這次稅改紡織業(yè)退稅率從13％調(diào)降到11％，紡織出口商的利潤5％，縮水到只有3％，比大陸當(dāng)?shù)劂y行的定存利息3.87％還低。

    至于制鞋業(yè)、金屬加工業(yè)等，退稅率更從原先的13％，一口氣降到5％，被調(diào)降八個百分點，對不少企業(yè)也有影響。

    許多臺資企業(yè)為避稅，以香港為中介，他們以為利用香港與大陸簽署ＣＥＰＡ協(xié)議，在香港設(shè)控股公司，至少可享受5％的租稅優(yōu)惠。但2008年起這些控股公司如果沒有在香港納稅、沒有員工、沒有辦公室，同樣也被排除在租稅優(yōu)惠之外。約一半以上的臺灣公司在香港設(shè)立子公司，未來這些公司要是不合乎認(rèn)定標(biāo)準(zhǔn)，都將被當(dāng)作境外公司，按照一般稅率20％征稅，其它有和大陸簽署租稅協(xié)議的國家如新加坡等，也按照相同標(biāo)準(zhǔn)認(rèn)定。

    一旦臺商企業(yè)的大陸子公司因稅負(fù)龐大不愿意將盈余匯回，勢必影響到母公司收益，對于每股盈余將帶來影響。